Kronhjorten blev startet i 1993. Det startede som et aflastningshjem for eleverne på skolen Solhjorten. Tanken var at det med tiden skulle blive et botilbud for voksne.
Men i løbet af årene tog man yngre fastboende børn ind og stedet udviklede sig til et botilbud for børn. De sidste aflastningspladser blev nedlagt i 2008.
Den første leder var Bent Christian Jørgensen som også var initiativtager, I 2000 blev Bibbi Bjerre leder og fra 2009 har der været en tredelt ledelse som består af Lydia Bryde Willian, Michael Beyer og Bibbi Bjerre